A Herceg visszatért az Idő Szigetéről, ahol megállította az Idő Homokjának az elkészülését. Azt hitte, hogy hazatérésekor béke várja, ehelyett egy háború dúlta országot látott.

A Sötét Herceg

A játékban a Homok megfertőzi a Herceget, és életre kel a kegyetlen Sötét Herceg. Folyamatosan kell ölnie a homokszörnyeket, mert különben meghal.

Farah

Hét éve volt, amikor Farah-t utoljára láttuk a SoT-ban. Akarata ellenére jutott Babilonba. Mivel a SoT eseményei sosem történtek meg (A Herceg visszapörgeti az időt a végén), Farah nem emlékszik ránk, viszont a Hercegnek óriási érzelmi kötődése van Farah-hoz.

Kaileena

A Warrior Withinben a Herceg találkozott Kaileena-val, az Idő Királynőjével. Együtt elhagyták az Idő Szigetét, és elindultak vissza Babilonba. Kaileena-t rögtön elfogják, és megölik. Mivel az Idő Homokja a testében van, a Homok újra elszabadul és sokakat elpuszít.

Vizier

Vizier, aki a SoT-ban is a főgonosz volt, itt is az, mert a Herceg a SoT-ban megöli, de a WW-ben a SoT eseményeit megsemmisíti, így most a Vizier visszatért!  Vizier megöli Kaileena-t az Idő Tőrével, de mivel Kaileena az idő királynője, a Tőr miatt "homokszellemmé" válik, majd emiatt a Vizier homokszörnyei mind meghalnak a Homoktól. A Tőr felszívta a Homokot, és a Vizier leszúrta magát, és átváltozott egy aranyszínű, csápokkal teli, kopasz, izmos lénnyé.